La Bujinkan en El Salvador cuyo dirigente es el Shidoshi Luis A. Bernal (quien recibió las enseñanzas directas de Ninjutsu del Shidoshi Bret May, discípulo del famoso Shihan Richard Vandonk en Estados Unidos), dió sus primeros pasos el 3 de febrero de 1996.
En sus inicios, el Shihan Efraín Frías de Bujinkan Chile dió un buen apoyo y asesoría para el crecimiento de la Bujinkan El Salvador. Actualmente, toda la asesoría se recibe desde Norte América y España a través de Shihanes Richard Vandonk, Linda Vandonk y Pedro Fleitas, discípulos muy cercanos al Soke Masaaki Hatsumi.
Shidoshi Luis Bernal
Se trabajaron siete años para introducir este nuevo arte en El Salvador, años que estuvieron llenos de dificultades y malos entendidos, especialmente por lo que las películas de los ninjas pintaban, pero con todas las estrategias Shinobi, más que todo la sinceridad y los frutos en las conversiones de jóvenes, que pasaron de agresivos a pacíficos, de impulsivos a analíticos, de fanáticos a amplios de criterio, de malcriados a caballeros o a damas educadas, etc. todo eso y mucho más hizo que el Instituto Nacional de los Deportes de El Salvador los reconocieran como un Arte Marcial No Federada y le diera todo el apoyo que necesitaba por el momento.
Se comenzó con Guatemala con buen pie y Edwin Reyes Profesor de Karate, campeón
nacional y con múltiples trofeos, cambió su arte marcial por el Budo Taijutsu-
Ninjutsu, así de la misma forma Honduras dió pie al tercer Dojo, porque
su representante Carlos J. Castro va avanzando en la Bujinkan Dojo El Salvador.
En el 2004 se funda la Bujinkan Meian Dojo de Costa Rica cuyo representante autorizado para la
enseñanza es el Shidoshi-Ho Sergio Salas Arce.
Nicaragua y Belice están trabajando para incorporarse a este maravilloso arte marcial del Ninjutsu original de la Bujinkan Dojo de Hatsumi Sensei.
Finalmente, Panamá logra integrarse a la Bujinkan en Octubre de 2003 y ser reconocida en marzo de 2005 por el INDE (Instituto Nacional de Deportes) de Panamá según resuelto 7-2005-PJ.