Existen muchas teorías acerca de cómo comenzó el Arte de los Ninjas. Cada historiador japonés posee sus propias creencias y hechos acerca de esta historia, por lo tanto, es muy complejo definir específicamente lugares, personas, épocas o cúmulo de circunstancias que sean aceptables en su totalidad para considerarlas como nacimiento de este arte. El Ninjutsu desde sus inicios no podía ser definido específicamente como tal, pasaron muchos siglos para que el mismo fuese establecido como un sistema independiente de otras artes marciales.
Las personas a quienes se les
atribuía ser Ninjas originalmente no se les podía catalogar de esa forma, ellos
eran considerados como practicantes de política, religión y estrategias
militares, eran considerados como opositores del convencionalismo y régimen
estatal de esa época. El Ninjutsu se desarrolló como una reacción ilegal frente
a las normas culturales impuestas por la élite Samurai de esa época, por esta
razón, desde sus orígenes se consideró un misterio durante siglos, un secreto y
se generó intencionalmente una confusión para evitar descubrir su verdadero
sentido.
Una cantidad de documentos ancestrales de Ninjutsu que el Dr. Masaaki Hatsumi
heredó del profesor Takamatsu se encontraban en papiros escritos por nativos
chinos que abandonaron sus tierras natales en búsqueda de un santuario en las
islas de Japón. Guerreros chinos, estudiantes y monjes partieron a estas tierras
salvajes para alcanzar la trascendencia de un nuevo espíritu, regiones de Ise y
Kii, sur de la capital en Nara y después Kyoto.
Razas Taoístas como Gamón, Garyu, Kain, Unryu y el General T´ang y otros
militares como Cho Gyokko, Ikkai y Cho Busho trajeron consigo conocimientos
acumulados durante muchos siglos desde su tierra natal. Además se heredaron
estrategias militares, religión, filosofía, folklore, conceptos culturales,
prácticas médicas y muchas características que provenían de China, India, Tibet,
el este de Europa y el Sur de Asia.
En las
Regiones de Iga y Koga, el Ninjutsu adquirió una especial identidad. Existió una
especialización y perfeccionamiento de este arte en aproximadamente setenta
familias, de estas se extraía al heredero que se encargaba de transmitir en
forma secreta la herencia Ninja.
La restauración Meiji abolió la clase Samurai y dio a todos los ciudadanos los
derechos civiles que antes eran exclusivos de la clase Samurai (1868).
Con todos estos eventos oscuros de la historia del Ninjutsu, es mucho más
difícil para los propios japoneses comprender el propósito real y las ideas del
Ninja.
La organización Bujinkan
Dojo existe ahora para
transmitir el Budo Taijutsu
bajo el enfoque de métodos efectivos de defensa personal, vivir una tradición
marcial y forma de auto-crecimiento humano.
El Ninjutsu se especializó en las siguientes artes:
1. SEI SHIN TEKI KYOYO (calidad espiritual)
2. TAI JUTSU (combate sin armas)
3. NINJA KEN (sable Ninja)
4. BO-JUTSU (palos)
5. SHURIKEN JUTSU (objetos voladores)
6. YARI-JUTSU (lanza)
7. NAGINATA-JUTSU (albarda)
8. KUSARI-GAMA (palo con cadena y segadera)
9. KAJAKU JUTSU ( fuego y explosivos)
10. HENSO-JUTSU (distracción y disfraz)
11. SHINOBI-IRI (métodos de invisibilidad y naturaleza)
12. BA-JUTSU ( habilidades de combate militar)
13. SUI-REN (Entrenamiento en el agua)
14. BO-RYAKU (estrategias)
15. CHOHO (espionaje)
16. INTON-JUTSU (Escape e imitación)
17. TEN-MON (meteorología)
18. CHI-MON (Geografía)
*NOTA: Sensei Hatsumi al fundar la Bujinkan Dojo nominó BUDO TAIJUTSU a la integración del Ninjutsu con las otras tradiciones marciales japonesas.